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新幹線回数券は目的地駅ではない駅で途中下車することは可能ですか?

それはできません。
但し再度乗車しないで下車することは可能です。

例えば、東海道新幹線の東京-名古屋間のキップでの駅で三河安城駅で下車することはできます。
また質問の内容とは違うのですが、目的地駅を超えて京都で降りようとした場合では、名古屋から京都までの新規料金が追加で必要になります。名古屋から京都までの差額料金だけではございませんので、ご注意ください。