はい、ご乗車頂けます。
駅にて予約を取らずにそのまま改札を通りますと自由席券としての扱いとなります。
ですので、もしご予約された新幹線に乗り遅れた場合でも、ご予約された当日限りでしたら自由席券としてご乗車可能となります。

ただし、逆に自由席券を購入して追加で指定席分を購入して指定席指定を取ることはできませんのでご注意ください。