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記念切手のシートなのですが切手部分ではなくシート部分に折り目がついているものはバラ扱いになってしまうのでしょうか?

いいえ、バラ扱いにはなりません。
シートに折り目が付いているだけの場合は、記念切手シートの扱いになります。
ただし、折り目部分で折れていて破れがある場合はバラ切手扱いとなりますのでご注意下さい。