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JCBギフトカードとJTBナイスギフトカードは同じデザインなのですが、使用方法など違いはありますか?

ほとんど使用方法・範囲は変わりませんが、一部店舗によってはJCBギフトカードのみ使用できる店舗もあります。
大きく異なる点は、使用可能な旅行代理店です。JCB、JTBナイスギフトの使用出来る旅行代理店は下記の通りとなりますので、お気を付けください。
JCB:日本旅行、阪急交通社、農協観光、東武トラベル、名鉄観光サービス(先の店舗は全国展開をされているお店です。その他、各地域でご利用できる旅行代理店がございます。詳細はこちらでご確認ください。http://www.jcb.co.jp/jcbService/service/life/gift/giftkameiten.html)
JTBナイスギフト:東武トラベル、名鉄観光サービス

以上のように、JTBナイスギフトはあくまで商品券で、JTBで予約し旅行する場合のお支払いに使えませんのでご注意下さい。